Секвенаторы ДНК 3-го поколения, нанопоровые

Секвенатор нанопоровый MinION

Это портативное устройство для прямого секвенирования ДНК и РНК в реальном времени.

В основе прибора ячейка с 512 нанопоровыми каналами (максимальная ёмкость), каждый из которых предназначен для анализа отдельной молекулы нуклеиновой кислоты. В сумме прибор позволяет получить до 30 Гб информации о последовательности ДНК. Длина прочтения, фактически, ограничена только длиной фрагмента нуклеиновой кислоты и составляет сотни тысяч нуклеотидов.

MinION подключается к USB-порту 3.0 ПК или ноутбука для вывода и анализа информации, полученной в процессе секвенирования. Никакое дополнительное компьютерное или лабораторное оборудование не требуется.

Комплект поставки:

• секвенатор MinION;
• набор реагентов для подготовки образцов;
• проточная ячейка для секвенирования SpotON Flow Cell (R9.4) Single;
• набор реагентов Flow Cell Priming Kit;
• набор реагентов для промывки проточной ячейки Flow Cell Wash Kit;
• контрольный набор, содержащий ДНК бактериофага Лямбда Control Expansion Pack.

Mk1C Capex – портативный высокопроизводительный нанопоровый секвенатор производства Oxford Nanopore Technologies, объединяющий в себе секвенирующий блок и управляющую станцию с дисплеем, предназначенный для запуска одной стандартной проточной ячейки R9 или R10. Этот прибор является обновленной версией секвенатора MinION.

В основе прибора ячейка с 512 нанопоровыми каналами (максимальная ёмкость), каждый из которых предназначен для анализа отдельной молекулы нуклеиновой кислоты. В сумме прибор позволяет получить до 45 Гб информации о последовательности ДНК за один запуск. Длина прочтения, фактически, ограничена только длиной фрагмента нуклеиновой кислоты и составляет сотни тысяч нуклеотидов.

Mk1C Capex включает управляющую станцию со следующими характеристиками:

• объем жесткого диска SSD, Тб – 1;
• объем оперативной памяти, Гб – 8;
• графические ускорители;
• операционная система – Linux;
• предустановленное ПО – MinKNOW, Guppy, EPI2ME;
• подключение – WiFi, Ethernet, USB 2.0, SIM.

Для работы прибора не требуется постоянное интернет-подключение, однако оно требуется для обновления программного обеспечения. Данные с прибора можно выгрузить на внешний носитель через порт USB (также есть порт для MicroSD карты памяти).

Комплект поставки: секвенатор Mk1C Capex со встроенным ПК.

PolyseqOne — это портативная система нанопорового секвенирования средней производительности, позволяющая проводить анализ в режиме реального времени. Компания Polyseq Biotechnology разработала собственные нанопоровые белки, наборы для подготовки библиотек и секвенирования, конструкцию чипа, программную инженерию и алгоритмы глубокого обучения.

Нанопоровые белки закреплены на полимерной мембране, которая окружена электролитным раствором с обеих сторон. Ионы электролита проходят через нанопору, создавая постоянный электрический ток. Молекулы ДНК или РНК обладают электрическим зарядом, и под действием электрического поля одноцепочечные молекулы проходят через нанопору от отрицательно заряженной стороны (cis) к положительно заряженной (trans). Поскольку размер и заряд нуклеотидов различаются, ток через пору изменяется (возникают флуктуации). Эти колебания регистрируются и с помощью распознавания паттернов преобразуются в последовательность ДНК.

Основные применения нанопорового секвенатора Polyseq One

• Полногеномное секвенирование (WGS). Например, прочтение от теломеры к теломере (T2T), включая сложные регионы (повторы, центромеры).
• Структурные вариации. Детекция крупных делеций, инверсий, дупликаций.
• Прямое секвенирование РНК.
• Выявление редких транскриптов и клеточных субпопуляций.
• Сборка полных геномов бактерий из сложных образцов.
• Разделение метагеномных данных на отдельные геномы.
• Детекция эпигенетических изменений.
• Экологический мониторинг.
• Сборка сложных полиплоидных геномов.

Характеристики нанопорового секвенатора Polyseq One

• Точность одного прочтения, % — 97;
• длина прочтений, Kb — ≥300;
• консенсусная точность (50×), % — 99,99;
• количество пор на чипе — 2560;
• возможность использовать чип повторно — до 5 раз;
• скорость прочтения, нуклеотидов/с — 400;
• максимальный расчетный объем получаемых данных, Гб — 60;
• реальный объем получаемых данных, Гб — 30;
• адаптивное секвенирование;
• время работы, ч — до 96;
• наборы для подготовки библиотек, секвенирования, баркодирования;
• габаритные размеры (Ш×Г×В), мм — 180×130×80;
• вес инструмента, кг — 1,5.

Комплектация нанопорового секвенатора Polyseq One

• Cеквенатор;
• программное обеспечение на носителе;
• проточная ячейка;
• набор для построения библиотек;
• монтаж, пуско-наладка, инструктаж персонала на рабочем месте;
• гарантийное обслуживание 12 месяцев (возможна покупка дополнительной гарантии).

Характеристки секвенатора нанопорового GridION Mk1

GridION X5 – Capex, в отличие от MinION, состоит из пяти проточных ячеек с нанопоровыми каналами и обладает теми же достоинствами, что и MinION – простая пробоподготовка и быстрое секвенирование молекул нуклеиновых кислот любой длины.

Пять ячеек позволяют проводить пять параллельных независимых экспериментов, что удобно для лабораторий с большим объёмом исследований. Общий объём информации о последовательности ДНК, полученный с помощью GridION Х5, может быть до 150 Гб (объём встроенного SSD-диска – 4 Тб).

В отличие от MinION, в корпус GridION уже встроены все компоненты, необходимые для управления секвенированием и обработки данных:

• объем SSD-диска, Тб – 4;
• объем оперативной памяти, Гб – 64;
• центральный процессор последнего поколения;
• ускорители на основе графического процессора (видеокарта Nvidia GV100, 100 Тфлопс);
• ОС Linux;
• программное обеспечение для секвенирования и обработки данных.

Комплект поставки: секвенатор GridION X5 – Capex со встроенным ПК.

PromethION 24 — прибор для высокопроизводительного секвенирования, включающий 24 независимые ячейки с 3000 каналов каждая. Пользователь может задействовать любое количество этих ячеек, в каждой из которых будет проводиться отдельный эксперимент. Прибор состоит из секвенирующего модуля на 24 ячейки и станции для сбора, хранения и обработки данных.

Секвенирующий модуль PromethION 24

• Тип совместимых проточных ячеек – проточные ячейки PromethION R9.4;
• количество одновременно процессируемых проточных ячеек, шт. – от 1 до 24;
• производительность, Тbp – до 4,8;
• количество раздельных блоков для проточных ячеек – 3;
• количество ячеек в одном секвенирующем блоке, шт. – от 1 до 8;
• габариты, Ш х Г х В, см – 59 х 43 х 19;
• вес, кг – 25.

Станция для сбора, хранения и обработки данных PromethION 24

• Объем SSD-диска, Тб – 32;
• объем оперативной памяти, Гб – 384;
• предустановленное ПО – ОС Linux, ОС PromethION, MinKNOW, Guppy, EPI2ME;
• процессор – Intel CPU, 2 x NVIDIA GV100;
• габариты, Ш х Г х В, см – 17,8 х 47 х 44;
• вес, кг – 25.

Комплект поставки: секвенатор PromethION 24 со станцией для сбора, хранения и обработки данных.

PromethION 48 — прибор для высокопроизводительного секвенирования, включающий 48 независимых ячеек с 3000 каналов каждая. Пользователь может задействовать любое количество этих ячеек, в каждой из которых будет проводиться отдельный эксперимент. Прибор состоит из секвенирующего модуля на 48 ячеек и станции для сбора, хранения и обработки данных.

Секвенирующий модуль PromethION 48

• Тип совместимых проточных ячеек – проточные ячейки PromethION R9.4;
• количество одновременно процессируемых проточных ячеек, шт. – от 1 до 48;
• производительность, Тbp – до 9,6;
• количество раздельных блоков для проточных ячеек – 6;
• количество ячеек в одном секвенирующем блоке, шт. – от 1 до 8;
• габариты, Ш х Г х В, см – 59 х 43 х 19;
• вес, кг – 25.

Станция для сбора, хранения и обработки данных PromethION 48

• Объем SSD-диска, Тб – 64;
• объем оперативной памяти, Гб – 384;
• предустановленное ПО – ОС Linux, ОС PromethION, MinKNOW, Guppy, EPI2ME;
• процессор – Intel CPU, 2 x NVIDIA GV100;
• габариты, Ш х Г х В, см – 17,8 х 47 х 44;
• вес, кг – 25.

Комплект поставки: секвенатор PromethION 48 со станцией для сбора, хранения и обработки данных.